Artículos científicos

Quarto soporta la construcción de artículos científicos a través de plantillas preformateadas o personalizadas donde encontraremos:

Formatos de revistas

Existen plantillas preformateadas que cumplen con requisitos dispuestos por varias revistas científicas internacionales que se pueden aplicar en Quarto.

• American Psychological Association, Septima Edición (APA7)

• Elsevier

• Public Library of Science (PLOS)

• Plantilla para preprints arxiv

• Springer Nature

También existen formas de estructurar una plantilla propia o con especificaciones particulares.

Para ver las extensiones disponibles de Quarto - Journal Articles

Autores

Metadatos de YAML para codificar datos de autores y sus afiliaciones. Ver capítulo Authors & Affiliations

author:
  - id: string
    number: number
    name:
      given: string
      family: string
      literal: string
      dropping-particle: string
      non-dropping-particle: string
    url: string
    email: string
    phone: string
    fax: string
    degrees: 
    orcid: string
    note: string
    acknowledgements: string
    attributes:
      corresponding: boolean
      equal-contributor: boolean
      deceased: boolean
    roles: 
    metadata: object
    affiliations: 

Citas bibliográficas

Quarto utiliza la representación de Mardown estándar de Pandoc para las citas (por ejemplo [@cita]): las citas van entre corchetes y están separadas por punto y coma. Cada cita debe tener una clave, compuesta por “@” + el identificador de la cita de la base de datos.

Pandoc le brinda el formato a las citas bibliograficas. De forma predeterminada, usa el formato autor-fecha del estilo Chicago, pero puede especificarse un formato personalizado utilizando CSL (Citation Style Language) en la cabecera YAML del documento.

Citas bibliográficas

En la cabecera YAML se define:

• el nombre del archivo .bib o .bibtex donde están las citas a usar - metadato bibliography:

• el archivo .csl que determina el formato de cita - metadato csl: - acceder a Repositorio archivos CSL y Repositorio CSL Zotero

• en formato PDF se puede seleccionar si se maneja el sistema de citas con citeproc de Pandoc o alternativamente natlib o BibLatex - metadato cite-method:

Muchas de estas configuraciones ya vienen predeterminadas en las plantillas de revistas.

Inclusión de código en Quarto

En todo documento Quarto se puede incluir código de diferentes lenguajes de programación (R, python, julia, javascript, etc).

Opciones de ejecución de código

Algunas de las opciones de control de ejecución de los chunck de código.

Tablas desde código

Salida directa, igual que en consola y estéticamente feas.

```{r}
library(datos)

pinguinos |> 
  slice(1:6)
```

# A tibble: 6 × 8
  especie isla   largo_pico_mm alto_pico_mm largo_aleta_mm masa_corporal_g sexo 
  <fct>   <fct>          <dbl>        <dbl>          <int>           <int> <fct>
1 Adelia  Torge…          39.1         18.7            181            3750 macho
2 Adelia  Torge…          39.5         17.4            186            3800 hemb…
3 Adelia  Torge…          40.3         18              195            3250 hemb…
4 Adelia  Torge…          NA           NA               NA              NA <NA> 
5 Adelia  Torge…          36.7         19.3            193            3450 hemb…
6 Adelia  Torge…          39.3         20.6            190            3650 macho
# ℹ 1 more variable: anio <int>

Tablas desde código

El paquete knitr, incuído en RStudio, puede convertir las salidas estos dataframes en tablas visuales con knitr::kable():

Tablas desde código

Existen numerosos paquetes para darle formato a las tablas producidas mediante código.

Un ejemplo muy completo es el paquete flextable, que vimos en clases anteriores.

Además de salidas HTML es compatible con pdf y Word (docx).

La documentación se encuentra en este enlace

Tablas desde código

Otro paquete para tablas elaboradas es gt.

Aquí podemos encontrar todo lo que ofrece.

Gráficos desde código

```{r}
library(datos)
library(ggplot2)

pinguinos |> 
  ggplot(aes(x = largo_pico_mm,
                     y = alto_pico_mm,
                     col = isla)) +
  geom_point()
```

Ejemplo: Gráficos desde código

```{r}
#| fig-width: 5
#| fig-height: 3

library(datos)
library(ggplot2)

pinguinos |> 
  ggplot(aes(x = largo_pico_mm,
                     y = alto_pico_mm,
                     col = isla)) +
  geom_point()
```

Ejemplo: Gráficos desde código

```{r}
#| fig-width: 5
#| fig-height: 3
#| fig-cap: "Tamaño de los pingüinos en 
tres islas del Archipelago Palmer."
#| fig-alt: "Diagrama de dispersión que 
muestra el tamaño de los picos de los 
pingüinos en tres islas"

library(datos)
library(ggplot2)

pinguinos |> 
  ggplot(aes(x = largo_pico_mm,
                     y = alto_pico_mm,
                     col = isla)) +
  geom_point()
```

Formatos posibles

Editando la cabecera YAML se puede definir formatos de documentos distintos a HTML.

Entre las opciones de documentos con fines de impresión se encuentran:

PDF (LaTeX)

TinyTex

TinyTeX es una distribución LaTeX personalizada, basada en TeX Live, que es pequeña en tamaño pero funciona bien en la mayoría de los casos, especialmente para usuarios de R.

Se instala ejecutando la siguiente linea en la Terminal de RStudio

quarto install tinytex --update-path

Luego activamos la opción:

Use tinytex when compiling .tex files

en Global options de RStudio y reiniciamos.

Cabecera PDF

Las cabecera básica de documentos PDF basados en LaTeX es:

---
title: "Mi Documento"
format:
  pdf:
    toc: true
---

* en este ejemplo, además activamos tabla de contenidos.

La mayoría de las opciones de ejecución vistas para HTML sirven para este tipo de documentos.

Quarto utiliza clases de documentos KOMA Script de forma predeterminada para libros y documentos PDF.

Clases de documentos

La opción de ejecución documentclass: posibilita cambiar de clase utilizando la configuración KOMA Script.

Clases de documentos

Seleccionar que clase de documento pdf queremos tendrá que ver con lo que estemos produciendo.

Por ejemplo, los artículos estan configurados predeterminandamente con una sola cara, lo mismo que los reportes. En cambio, los libros son de doble cara.

De todas maneras, las opciones se pueden cambiar con classoption: (oneside, twoside)

Otras opciones de ejecución

Librerías latex

Algunas librerías Latex como geometry vienen implementadas dentro de TinyTex y asociadas a la cabecera YAML de Quarto. Otras librerías pueden llamarse desde la opción include-in-header para inyectar comandos Latex.

Por ejemplo, incluyendo una fuente específica para el texto.

format:
  pdf:
    include-in-header:
      - text: |
          \usepackage{sourcesanspro}

Latex puro

Al crear un documento PDF, Pandoc permite el uso de código LaTex puro entre el markdown.

\begin{tabular}{ll}
A & B \\
A & B \\
\end{tabular}

Si bien es muy conveniente para este formato, el código se ignora cuando se procesa en otros como HTML y Word.

Tengamos en cuenta que en algunos casos, el LaTeX puro requerirá paquetes de LaTeX adicionales (que deberemos incluir en la cabecera).

PDF (typst)

Typst es un nuevo sistema de composición tipográfica de código abierto basado en un lenguaje de marcas que está diseñado para ser tan potente como LaTeX y al mismo tiempo mucho más fácil de aprender y usar. Genera buenos resultados en PDF con tiempos de renderizado muy rápidos.

Dado que Typst está en desarrollo activo y fue incorporado en la última versión de Quarto, todavía existen algunas limitaciones en el soporte. Es decir, que algunas caracterísiticas nativas como el diseño de página avanzado no están del todo implementadas.

Cabecera typst

---
title: "Mi Documento"
format:
  typst:
    columns: 2
---

* en esta cabecera, además definimos 2 columnas para el documento.

La gran mayoría de opciones de cabecera generales de YAML para Quarto funcionan en typst.

Diseño de página

Se puede controlar el diseño de la página mediante opciones de cabecera:

• papersize: tamaño de la página (“a4”, “us-letter”, “us-legal”, etc)
• margin: márgenes de la página (top, right, bottom, left - medido en pulgadas in o centímetros cm)
• columns: cuantas columnas tendrá el diseño (por defecto 1 columna)
• mainfont: fuente principal (busca fuentes instaladas en el sistema pero se puede indicar rutas adicionales con font-paths)
• fontsize: tamaño de fuente base (medida en puntos pt)

typst puro

Al igual que el LaTeX se puede insertar bloques de código typst sin formato dentro del documento

```{=typst} 
#set par(justify: true)

== Título
Este es un ejemplo de texto en typst.

Para obtener más información sobre marcado typst, consulte el tutorial aquí: https://typst.app/docs/tutorial/

Bloques nativos typst

Se puede cambiar la apariencia de bloques mediante llamadas nativas de Typst, utilizando la clase .block en un Div con los argumentos apropiados.

::: {.block fill="luma(230)" inset="8pt" radius="4pt"}

Este es un bloque con fondo gris y las aristas redondeadas. 

:::

Fórmulas typst

Typst tiene composición tipográfica matemática incorporada y utiliza su propia notación.

La notación va encerrada entre signos $, de forma similar al LaTeX.

{=typst} 
$ 7.32 beta +
  sum_(i=0)^nabla
    (Q_i (a_i - epsilon)) / 2 $

Pantillas personalizadas

Existen plantillas typst preconfeccionadas que se pueden utilizar o bien personalizar una propia.

En el siguiente tutorial de typst guian en la creación de una plantilla.

También en el sitio Awesome Quarto hay páginas de plantillas de terceros disponibles para utilizar.

Word (docx)

Las cabecera básica de documentos Word es:

---
title: "Mi Documento"
format:
  docx:
    toc: true
    toc-depth: 2
    toc-title: Contenidos
---

* en el ejemplo, además activamos tabla de contenidos, con una profundidad de 2 y título de tabla “Contenidos” (en español).

La mayoría de las opciones de ejecución vistas para HTML sirven para este tipo de documentos.

Plantillas Word

Para personalizar la apariencia de los documentos resultantes en Word se puede añadir en la cabecera una plantilla con diseño modificado. Para esto se sigue el siguiente paso a paso: